Der von den Gemeindemitgliedern der Ulrichskirche am 6. Mai 1524  gewählte, achtköpfige Kirchenvorstand wählte aus seinen Reihen den ersten evangelischen Prediger der Stadt, Dr. Weidensee aus Halberstadt. Im September 1524 wurde auf Luthers Rat hin sein engster Vertrauter aus Wittenberg, Nikolaus von Amsdorf, als Pfarrer an die Ulrichskirche berufen. Als Superintendent machte er Magdeburg zur ersten der Reformation gewonnenen Großstadt der Erde. Er gewinnt zunehmend die Menschen in der Stadt, für die lutherische Art zu glauben. Nicolaus von Amsdorf, dem die Aufgaben eines Superintendenten zuwuchsen, ging mit so großer Umsicht und unglaublicher Zähigkeit ans Werk, daß Luther dem Freund am 2. Dezember schrieb: "... er (Anm. d. A., Amsdorf) sei in Magdeburg ein solcher Krösus, ein solcher Evangelist geworden, dass er alles mit einem Male bekehrt habe." Da infolge der Abkehr vom katholischen Glauben auch dessen fundamentale Säule, das Schulwesen, einen tiefen Riß bekommen hatte, mußte dem desolaten Zustand Einhalt geboten werden. Luther richtete daher "an die Ratsherren aller Städte deutschen Lands" eine Vermahnschrift, "daß sie christliche Schulen aufrichten und halten mögen", In Magdeburg nahm sich Nicolaus von Amsdorf jener Problematik an. Gemeinsam mit Georg Wilcke, Sebastian Werner und Martin Ägricola gründete er die erste evangelische Schule Magdeburgs. Als Ort suchte er sich die in unmittelbarer Nachbarschaft zu St. Johannis gelegene "schola Johannitana" aus, eine Bildungsstätte, welche schon vor 1524 in gutem Ruf gestanden hatte und aus der sich in den folgenden Jahrzehnten das "Altstädtische Gymnasium" entwickelte. Wäre es nach dem Willen Amsdorfs gegangen, hätte Magdeburg sogar eine Akademie erhalten. Doch Luther und Melanchthon rieten davon ab. Noch war die Elbestadt erzbischöfliche Residenz - und der Konflikt mit der Alten Kirche erwies sich auch ohne unruhestiftende Studenten als brisant genug.